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研華攜手偉薩科技發佈一體化DNA基因排序加速解決方案
[SmartAuto Angelia 報導]   2019年05月14日 星期二 瀏覽人次: [960]

全球知名的工業物聯網解決方案提供商研華科技(2395.TW)近日宣佈發佈與偉薩科技技術共同創建的DNA基因排序加速解決方案。該解決方案解決了大中華區和北美地區對非侵入性產前檢查(NIPT)和癌症和疾病診斷市場日益增長的需求。

基因排序加速解決方案
基因排序加速解決方案

“下一代測序(NGS)”是近年來備受關注的基因技術。通過比較和分析DNA序列,NGS根據人類基因組資料庫精確定制治療方案。NGS通過定位存儲與潛在原因相關的資訊來?明醫療人員防止傳播和感染,對抗癌症和罕見疾病。然而,產生了一個問題,基因服務提供者面臨著越來越大的挑戰:處理無休止的基因組資料。這個耗時耗力的過程阻礙了研究和進展。

為了應對這一挑戰,研華科技與偉薩科技,一家專長在基因組測序加速的臺灣公司,共同開發了一種加速解決方案。通過將研華SKY-7210伺服器與偉薩科技的FPGA卡相結合,專為精密醫療行業設計出一種優化和加速資料處理的基因排序一體式伺服器。

借助這個高速平臺,種系變異分析管道處理時間最多可縮短25小時,從近33小時縮短到不足8小時,從而大大提高了效率並降低了TCO(總經營成本)。該基因排序速解決方案現在已經在研究機構、生物庫、診所和醫院開始使用,在基因組資料分析方面提供了更大的靈活性,並提升了精確醫學的價值。

基因排序加速解決方案提供一個無痛的升級過程,使用原生軟體BWA-MEM和GATK處理種系變異分析的二次測序。使用者可以在不更改工作流的情況下完成對齊、排序、標記重複和變異檢測的分析。隨著本機快速演算法的加速,SNPs和INDELs的整體精度為99.9%,與原生軟體相同。此外,加速解決方案提供與原生軟體完全相同的輸出檔案格式。

基因排序加速解決方案為在伺服器上部署大資料和深度學習提供了一個平臺,該服務器具有3TB DDR4插槽、3 x NMC(網路夾層卡)和2 x 300W GPU或6 x 150W GPU,以減少從HDD到FPGA的資料移動延遲。連接更靈活,更容易適應未來的擴展。

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